公元5012年。突然降临地球的“外星人”，以及他们创造的“机械生命体”，让人类陷入了灭绝的危机。极少数人类逃到月球上，为了夺回地球，开始了使用“人造人”士兵的反攻作战。但是，面对能无限增殖的机械生命体，战况陷入了僵局。最终，人类派遣最终兵器，新型人造人“寄叶”部队前往地球。公元11945年。“第243次空降行动”开始实施，新加入寄叶部队的“2B”和”9S”被派往地球。最终，他们成功消灭了机械生命体的主干单位“亚当”及“夏娃”。“人类军”认为这是歼灭敌人，终结漫长战争的好机会，于是命令对机械生命体发动总攻。这是被命运操纵的人造人们留下的战斗与愿望的记录——
